Il manuale di gestione di cui l'art. 5 del DPCM 3 dicembre 2013 ad oggetto "Regole tecniche per il protocollo informatico ai sensi degli articoli 40-bis, 41, 47 57-bis e 71 del Codice dell'amministrazione digitale di cui al decreto legislativo n 82 del 2005" descrive il sistema di gestione e di conservazione dei documenti e fornisce le istruzioni per il corretto funzionamento del servizio per la tenuta del protocollo informatico, della gestione dei flussi documentali e degli archivi.